تُعد بوابة كنيسة السيدة العذراء بالفجالة من بوابات الكنائس المُميزة جدًا. بل يمكننا القول بأنها تُعد رمزًا لكنيستنا.

ولما كانت هذه البوابة مائلة بشكل ملحوظ ومخيف، لدرجة أنها قد تسقط في يوم من الأيام، مما يهدد بخطر على شعب الكنيسة والمارة في الشارع. فقد فكر الآباء واللجنة الهندسية، وكان ذلك فى سنة ١٩٩٥م، فى كيفية علاج هذا الميل الواضح. وكان الاقتراح أن تُفك البوابة المُكونة من حجارة، ويُعاد تركيبها. ولكن هناك تخوفًا من ألاّ تعود البوابة على ما كانت عليه من شكل جمالي وطراز يُعد أثرى وجميل، كما كانت هناك مشكلة أخرى وهي كيفية الحصول على نفس نوع الحجر ومتانته. وبالرغم من كل هذه المشاكل فليس أمامنا سوى المغامرة.

وبالفعل بدأ فك الحجارة وترقيمها وتصويرها، فقد كانت البوابة تتكون من أكثر من ٣٠٠ قطعة حجر.

وفوجئ الجميع بأن هذه البوابة تعوم على الماء! وحيث إن البوابة مُؤسسة على منسوب قريب من سطح الأرض، وعليه لما ارتفع منسوب المياه الجوفية في المنطقة مع الزمن، تسبب ذلك فى هبوط التربة من الجهة الأمــامــية (جهة الشارع)، فحدث هذا الميل.

تم تفريغ التربة من المياه، ثم وُضِع أساس من الخرسانة المسلحة، ثم تم إعادة بناء وتركيب الحجر القديم السليم وتغيير الحجر المتآكل، وإعادة كل حجر حسب مكانه ورقمه. وعادت البوابة بشكلها الجميل، بل أفضل مما كانت عليه، بنفس الأبعاد والباب الحديد، فقط تم رفع منسوبها ثلاث درجات.

وقد قرر مجلس الكنيسة واللجنة الهندسية عمل نموذجين من البوابة لمدخلي الكنيسة الآخرين، لأنها أصحبت رمز الكنيسة، وتعوّد الشعب على رؤيتها عند دخوله للكنيسة..

ترأس فى  الصباح الباكر البابا تواضروس الثانى بابا الاسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية صلوات تدشين كنيسة السيدة العذراء بالفجالة بعد تجديدها والاحتفال بمرور 140 عام على انشاءها.